Em novembro de 1970 pais de pessoas com deficiência iniciaram um movimento para a criação de uma escola especial no município de Chapecó. Este grupo teve apoio de políticos locais, do Rotary Clube e da Câmara Júnior. As atividades foram iniciadas em 1972 no antigo e extinto Grêmio Estudantil da cidade; as instalações eram precárias e a escola funcionava com doações da comunidade tendo alguns funcionários cedidos pela prefeitura municipal. (os detalhes dessa história estão contados no relato da Sra. Lidia Néri).
Com uma visão futurista, a Presidente Lídia Néri defendeu a viabilização de uma sede própria, em terreno amplo que possibilitasse a ampliação das construções na medida que as necessidades fossem colocadas.
Assim surgiu a sede própria, em 1982 - com terreno de 15.000m² na Travessa Encantado, 148 E, Bairro Palmital.
Atualmente a APAE atende 356 usuários do nascimento a terceira idade, que apresentem, atraso no desenvolvimento neuropsicomotor, deficiência intelectual e/ou múltipla e transtornos do espectro autista.
Em 2022 a APAE conta com 75 colaboradores, destes: 32 professores cedidos FCEE (Fundação Catarinense de Educação Especial); 4 Profissionais cedidos pela Prefeitura de Chapecó; 38 profissionais CLT E 1 prestador de serviços - pagos a partir de convênios com o SUS e Secretaria de Assistência Social de Chapecó, e termo de fomento com a FCEE – Fundação Catarinense de Educação Especial. Além destes, a entidade conta com 36 voluntários: 9 que compõe a diretoria executiva, 9 o conselho de administração, 6 o conselho fiscal e 12 o clube de mães e voluntárias.
A APAE busca sempre manter a estrutura física, melhorar a prestação de serviços e implementar novas estruturas ou tecnologias que possam contribuir na qualidade de vida dos seus usuários.
A manutenção e as melhorias se dão através de recursos públicos, campanhas internas e doações de pessoas físicas e jurídicas.